Dans le climat actuel de respect et de dialogue entre croyants et non-croyants, le cardinal Joseph Ratzinger et l'athée Flores d'Arcais affrontent sans tabous de grandes questions d'ordre éthique, religieux et politique : la foi est-elle en liaison ou en rupture avec la raison ? Est-il possible de vivre sans foi religieuse ? Peut-on accuser les Lumières d'être à l'origine d'un relativisme destructeur ? Les valeurs chrétiennes peuvent-elles être considérées comme universelles ? Ont-elles leur source dans la nature et la raison, et peuvent-elles par conséquent être imposées aussi aux non-croyants (par exemple en ce qui concerne l'avortement, et plus largement la bioéthique) ? Peut-on admettre que la religion est capable de donner un sens à la vie sans s'interroger sur sa vérité ?